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 | HBW2連絡先/FAQ |
HBW2問い合わせ
1. 客員研究員などを含む理研の身分をお持ちの方
情報セキュリティ・システム部ITヘルプデスクのサービスポータルからお問い合わせ下さい。
* 統合認証基盤（Shibboleth認証）が必要となります。
お問い合わせの際、フォームには以下のように入力してください。
| 利用する地区：ご自身の所在地区を選択ください。 問い合わせカテゴリ：HOKUSAI 件名：問い合わせ内容に即したタイトルとしてください。 説明：以下をテンプレートとしてお使いください。1. システム名：HBW2 2. 課題番号：RBXXXXXX / hpXXXXXXX / なし 3. お問い合わせ内容： |
2. HPCI課題などで理研の身分をお持ちでない方
hpc [at] riken.jpにメールでお問い合わせ下さい。
上記テンプレートに加えて氏名、所属を追記してください。
HPCI課題のメンバー変更や報告書の提出はHPCI申請支援システムで行ってください。
HPCIに関わるお問い合わせはHPCIヘルプデスク（外部サイト）にお問い合わせください。
お願い事項
* エラーメッセージ等が表示されている場合は、その内容やエラー発生までの操作手順、再現の有無、発生日時、ジョブIDなどをお知らせください。
* プログラムに関する質問で調査のためのプログラム提供が可能な場合は、ディレクトリパスをお知らせください。
* お使いのPCでの操作が関連する場合、OSのバージョンやその他の情報(ブラウザのバージョン等)を記載いただくと、調査がスムーズに進められます。
FAQ
HBW2ポータル
| Q1. HBW2の利用申請はどこで行えますか。 A1. HBW2ポータルで利用申請が行えます。ただし、HPCI課題についてはHPCIの利用案内の指示に従って行ってください。 |
| Q2. HBW2ポータルの言語を切り替えたい。 A2. HBW2ポータルは利用いただいているwebブラウザの言語設定を「英語」に設定いただくことで英語版のサイトになります。 |
| Q3. HBW2ポータルにはどのようにしてログインできますか。 A3. 理研の研究者（客員研究員なども含む）は統合認証基盤（Shibboleth認証）を用います。それ以外の方はHBW2アカウントを用いて認証を行います。詳しくはHBW2ポータルの利用手引書をご覧ください。 |
| Q4. 統合認証基盤（Shibboleth認証）のパスワードが分かりません。 A4. 統合認証基盤（Shibboleth認証）はOktaと異なり、客員研究員も含む理研IDをお持ちの方がご利用になれます。 Shibboleth認証のパスワードは入所時に初期パスワードが伝えられているはずですが、分からない場合はOkta/Shibboleth (統合認証基盤)の”認証(Okta)リセット手順”に従って変更できます。 |
| Q5.客員研究員ですが、公開鍵登録の確認メールが届きません。 A5. 客員研究員がHBW2を利用するためには、理研Aメールの転送先のアドレスの設定が必要となります。統合認証基盤（Shibboleth認証）のパスワードの再設定や、ssh公開鍵登録などの際に理研Ａメールアドレスを受信できる必要があるからです。すでに理研Aメール（@a.riken.jp）宛てのメールを受信できる場合は問題ありません。 理研Aメールの転送設定については、所内ページの理研Aメール(@a.riken.jp)に関するFAQに案内があります。 所内ページを見れない方はご所属の研究室のアシスタントなどからメール運用担当に問い合わせを依頼するようお願いいたします。 |
| Q6. HBW2ポータルユーザとは何ですか。 A6. HBW2の課題メンバーになるために必要です。HBW2ポータルに初回ログイン時にユーザ情報を入力すると作成されます。 新規課題の申請や、課題に関する各種申請や情報の閲覧が行えます。 |
| Q7. HBW2アカウントとは何ですか。 A7. HBW2の計算資源を使うのに必要なLinuxアカウントです。課題メンバーに初めてなったときに作成されます。 HBW2ポータルで公開鍵を登録すると、HBW2フロントエンドサーバにログインできます。 |
| Q8. HBW2の利用はしませんが、課題の管理や状況把握を行いたいのですが。 A8. 課題メンバーの登録の際に”管理”を選んでください。HBW2アカウントは発行されませんが、HBW2ポータル上で課題の状況を把握できます。 また、メンバー区分として課題代表者代理とすると、課題に関する各種申請が行えるようになります。 |
| Q9. 新規課題申請が上手くできたか分かりません。 A9. 申請内容に不備があると申請に失敗します。 申請に成功した場合は、申請一覧の画面になり申請者にメールが届きます。 また、新規課題だけは申請者のみが申請状況を確認できます。 |
| Q10.HPCI課題を実施していますが、課題メンバーや計算資源の追加はできますか？ A10. 計算資源の追加はできません。課題メンバーの追加についてはHPCIの申請支援システムにてご確認ください。（参考 HPCIポータルサイト（外部） 課題の開始・終了・参加者変更に関する手続き） |
| Q11.外部業者（委託業者）のHBW2アカウントを作成したいのですが。 A11.上記窓口からお問い合わせ下さい。 |
| Q12.転籍する場合、HBW2は利用できなくなりますか？ A12.上記窓口からお問い合わせ下さい。 |
| Q13.HBW2で利用可能なソフトウェアと利用方法が知りたい。 A13.HBW2ポータルにログイン後左上の利用手引書 / ソフトウェアからご確認いただけます。 |
フロントエンドサーバ
| Q1. 理研のネットワーク外からHBW2のフロントエンドサーバにアクセスできますか。 A1. HBW2のフロントエンドサーバは、理研外からも理研内からと同じようにアクセスできます。 |
| Q2. 以下のメッセージが出力され HOKUSAIのフロントエンドサーバにログインできません。 “Permission denied (publickey,gssapi-with-mic,hostbased)” A2. HOKUSAIにログインするための公開鍵がフロントエンドサーバ上に存在していない可能性があります。 |
| Q3. これまでログインできていたのですが、以下のメッセージが出力されログインできなくなりました。 “Permission denied (publickey)” A3. 出力されたエラーメッセージを添えて上記窓口からお問い合わせ下さい。 |
| Q4. 公開鍵を登録後にターミナルからsshでHOKUSAIのフロントエンドサーバにログインしようとしましたが、以下のメッセージが出力されログインできません。 Are you sure you want to continue connecting (yes/no)? yes Warning: Permanently added ‘hokusai.riken.jp,134.160.228.11’ (RSA) to the list of known hosts. Permission denied (publickey). A4. 作成した秘密鍵ファイルを指定した上で HOKUSAIフロントエンドサーバへのログインをお試しください。 $ ssh -i 秘密鍵ファイル -l username hokusai.riken.jp |
| Q5.以下のメッセージが出力され HBW2のログインノードにログインできません。 「fork: retry: Resource temporarily unavailable」 A5. VSCodeを使用してログインしていた場合、以前のログインノードのセッションでVSCodeのプロセスの残骸が残り、プロセス数の制限に達しログインできない場合があります。 その場合は上記窓口から管理者にご連絡ください。管理者がVSCodeのプロセスを削除します。 なお、HBW2ではユーザープロセス数はデフォルトでは 256となっています。 VSCode使用時はログアウトする際にプロセスが残らないように監視とプロセスの削除をお願いいたします。 ログアウト時に以下のコマンドを実行してVSCodeのプロセスを削除してください。 「pkill -u “ユーザ名”」 |
ジョブ管理・実行
| Q1.HBW2で利用可能な計算リソースについて知りたい。 A1. 「HOKUSAI BigWaterfall2 利用手引書」の”5.2 ジョブ実行リソース”, “5.3 ジョブ投入オプション”をご参照ください。 |
| Q2. OpenMPで計算が遅い。 A2. プログラム実行時に、以下のように”–cpus-per-task=${SLURM_CPUS_PER_TASK}”を指定してください。 srun –cpus-per-task=${SLURM_CPUS_PER_TASK} a.out |
| Q3. ノードを占有してジョブを実行したい。 A3. ノード当たりの最大のメモリ量を指定してください。 例えば、MPCで1ノード占有したい場合は、”–mem=112G”を指定して実行してください。 なお、この場合112コアが使用されたとして演算時間が計算されます。 |
| Q4. ノード当たりのメモリ量を指定してジョブを実行したい。 A4. ノード当たりのメモリ量を指定するオプションは”–mem”となります。 例えば、MPCでノード当たり16GiBを確保したい場合は、”–mem=16G”を指定して実行してください。 なお、MPCではコア当たりのメモリの割当量は1GiBです。そのため1コアしか計算に使用しなくても16GiBのメモリを確保すると16コアが確保されたとして演算時間が計算されます。 |
| Q5. CPUコア当たりのメモリ量を指定してジョブを実行したい。 A5. CPUコア当たりのメモリ量を指定するオプションは、”–mem-per-cpu”になります。 例えば、MPCでCPUコア当たり2500MiBを確保したい場合は、”–mem-per-cpu=2500M”を指定して実行してください。 なお、MPCではコア当たりのメモリの割当量は1GiBです。そのため1コアしか計算に使用しなくても、2500MiBのメモリを確保すると3コアが確保されたとして演算時間が計算されます。 |
| Q6. HBW2でインストールされているソフトウェアを使いたい。 A6. HBW2ポータルにログインして、画面上部の利用手引書/ソフトウェアをクリックしてください。 HBW2上で利用可能なソフトウェアについて説明がありますのでご覧ください。 アプリケーションによっては、ライセンス等の制限があるために利用登録が必要なものもあります。 https://hokusai.riken.jp/user_guide |
| Q7. 大容量メモリやGPUを使用したい。 A7. HBW2サブシステムの案内をご覧ください。 理研内課題をご利用の方は無償で利用できます。 https://i.riken.jp/supercom/hbw2sub/ |
データ・ストレージ
| Q1. 一時的に所属課題がなくなるがデータを消さないでほしい。 A1. 運用実施手順の”第8章 ストレージ利用”にありますように、課題失効後 6 ヶ月間はデータを削除しません。 ただし、利用負担金の対象となるデータ領域は、継続利用の意思を示さない限り、利用後のデータの保存を保証しません。 https://i.riken.jp/supercom/#rule |
| Q2. 課題メンバー間でデータを共有したい。 A2. 課題メンバー全員がアクセスできる領域として、データ領域が利用可能です。 データ領域は利用負担金の対象となりますが、HBW2ポータルから申請できます。 |
| Q3. 課題メンバーに無償でデータを渡したい。 A3. 課題メンバー間であれば、一時領域として/tmp_workを利用して無償でデータを渡すことが出来ます。 /tmp_workは更新日が1週間以前のデータは自動的に削除されますが、利用負担金の対象外です。以下は、user1が同じ課題RBXXXXXXに所属しているused2に/tmp_workを利用してデータを渡す手順となります。 1. user1が/tmp_work配下にディレクトリの作成 user1がHBW2にログイン [user1@hokusai1 ~]$ cd /tmp_work 2. user1が作成したディレクトリのグループオーナをuser2が所属しているRBXXXXXXに変更 [user1@hokusai1 tmp_work]$ mkdir dir1 [user1@hokusai1 tmp_work]$ chgrp RBXXXXXX dir1 3. user1が渡したいファイルを作成したディレクトリにコピーし、ファイルのグループオーナを変更 [user1@hokusai1 tmp_work]$ cd dir1 [user1@hokusai1 dir1]$ cp ~/file1 . [user1@hokusai1 dir1]$ chgrp RBXXXXXX file1 4. user2がコピーされたファイルを、自分の領域にコピー user2がHBW2にログイン [user2@hokusai1 ~]$ cd /tmp_work/dir1 [user2@hokusai1 dir1]$ cp file1 ~/ |
