理化学研究所情報システム部

HBW2問い合わせ

1. 客員研究員などを含む理研の身分をお持ちの方

情報システム部ITヘルプデスクのサービスポータルからお問い合わせ下さい。
* 統合認証基盤（Shibboleth認証）が必要となります。

お問い合わせの際、フォームには以下のように入力してください。

利用する地区：ご自身の所在地区を選択ください。 問い合わせカテゴリ：HOKUSAI 件名：問い合わせ内容に即したタイトルとしてください。 説明：以下をテンプレートとしてお使いください。 1. システム名：HBW2 2. 課題番号：RBXXXXXX / hpXXXXXXX / なし 3. お問い合わせ内容：

2. HPCI課題などで理研の身分をお持ちでない方

hpc [at] riken.jpにメールでお問い合わせ下さい。
上記テンプレートに加えて氏名、所属を追記してください。

お願い事項

* エラーメッセージ等が表示されている場合は、その内容やエラー発生までの操作手順、再現の有無、発生日時、ジョブIDなどをお知らせください。
* プログラムに関する質問で調査のためのプログラム提供が可能な場合は、ディレクトリパスをお知らせください。
* お使いのPCでの操作が関連する場合、OSのバージョンやその他の情報(ブラウザのバージョン等)を記載いただくと、調査がスムーズに進められます。

 

FAQ

HBW2ポータル

Q1. HBW2の利用申請はどこで行えますか。A1. HBW2ポータルで利用申請が行えます。ただし、HPCI課題についてはHPCIの利用案内の指示に従って行ってください。

Q2. HBW2ポータルにはどのようにしてログインできますか。A2. 理研の研究者（客員研究員なども含む）は統合認証基盤（Shibboleth認証）を用います。それ以外の方はHBW2アカウントを用いて認証を行います。詳しくはHBW2ポータルの利用手引書をご覧ください。

Q3. 統合認証基盤（Shibboleth認証）のパスワードが分かりません。A3. 統合認証基盤（Shibboleth認証）はOktaと異なり、客員研究員も含む理研IDをお持ちの方がご利用になれます。 Shibboleth認証のパスワードは入所時に初期パスワードが伝えられているはずですが、分からない場合はOkta/Shibboleth (統合認証基盤)の”認証(Okta)リセット手順”に従って変更できます。

Q4. 客員研究員ですが、理研Aメールの転送先のアドレスの設定は必要でしょうか。A4. 客員研究員がHBW2を利用するためには、理研Aメールの転送先のアドレスの設定は必要となります。統合認証基盤（Shibboleth認証）のパスワードの再設定や、ssh公開鍵登録などの際に理研Ａメールアドレスを受信できる必要があるからです。すでに理研Aメール（@a.riken.jp）宛てのメールを受信できる場合は問題ありません。 理研Aメールの転送設定については、所内ページの理研Aメール(@a.riken.jp)に関するFAQに案内があります。 所内ページを見れない方はご所属の研究室のアシスタントなどからメール運用担当に問い合わせを依頼するようお願いいたします。

Q5. HBW2ポータルユーザとは何ですか。A5. HBW2の課題メンバーになるために必要です。HBW2ポータルに初回ログイン時にユーザ情報を入力すると作成されます。 新規課題の申請や、課題に関する各種申請や情報の閲覧が行えます。

Q6. HBW2アカウントとは何ですか。A6. HBW2の計算資源を使うのに必要なLinuxアカウントです。課題メンバーに初めてなったときに作成されます。 HBW2ポータルで公開鍵を登録すると、HBW2フロントエンドサーバにログインできます。

Q7. HBW2の利用はしませんが、課題の管理や状況把握を行いたいのですが。A7. 課題メンバーの登録の際に”管理”を選んでください。HBW2アカウントは発行されませんが、HBW2ポータル上で課題の状況を把握できます。 また、メンバー区分として課題代表者代理とすると、課題に関する各種申請が行えるようになります。

Q8. 新規課題申請が上手くできたか分かりません。A8. 申請内容に不備があると申請に失敗します。 申請に成功した場合は、申請一覧の画面になり申請者にメールが届きます。 また、新規課題だけは申請者のみが申請状況を確認できます。

フロントエンドサーバ

Q1. 理研のネットワーク外からHBW2のフロントエンドサーバにアクセスできますか。A1. HBW2のフロントエンドサーバは、理研外からも理研内からと同じようにアクセスできます。

Q2. 以下のメッセージが出力され HOKUSAIのフロントエンドサーバにログインできません。 “Permission denied (publickey,gssapi-with-mic,hostbased)”A2. HOKUSAIにログインするための公開鍵がフロントエンドサーバ上に存在していない可能性があります。

Q3. これまでログインできていたのですが、以下のメッセージが出力されログインできなくなりました。 “Permission denied (publickey)”A3. 出力されたエラーメッセージを管理者に連絡してください。

Q4. 公開鍵を登録後にターミナルからsshでHOKUSAIのフロントエンドサーバにログインしようとしましたが、以下のメッセージが出力されログインできません。 Are you sure you want to continue connecting (yes/no)? yes Warning: Permanently added ‘hokusai.riken.jp,134.160.228.11’ (RSA) to the list of known hosts. Permission denied (publickey).A4. 作成した秘密鍵ファイルを指定した上で HOKUSAIフロントエンドサーバへのログインをお試しください。 $ ssh -i 秘密鍵ファイル -l username hokusai.riken.jp

ジョブ管理・実行

Q1. OpenMPで計算が遅い。A1. プログラム実行時に、以下のように”–cpus-per-task=${SLURM_CPUS_PER_TASK}”を指定してください。 srun –cpus-per-task=${SLURM_CPUS_PER_TASK} a.out

Q2. ノードを占有してジョブを実行したい。A2. ノード当たりの最大のメモリ量を指定してください。 例えば、MPCで1ノード占有したい場合は、”–mem=112G”を指定して実行してください。 なお、この場合112コアが使用されたとして演算時間が計算されます。

Q3. ノード当たりのメモリ量を指定してジョブを実行したい。A3. ノード当たりのメモリ量を指定するオプションは”–mem”となります。 例えば、MPCでノード当たり16GiBを確保したい場合は、”–mem=16G”を指定して実行してください。 なお、MPCではコア当たりのメモリの割当量は1GiBです。そのため1コアしか計算に使用しなくても16GiBのメモリを確保すると16コアが確保されたとして演算時間が計算されます。

Q4. CPUコア当たりのメモリ量を指定してジョブを実行したい。A4. CPUコア当たりのメモリ量を指定するオプションは、”–mem-per-cpu”になります。 例えば、MPCでCPUコア当たり2500MiBを確保したい場合は、”–mem-per-cpu=2500M”を指定して実行してください。 なお、MPCではコア当たりのメモリの割当量は1GiBです。そのため1コアしか計算に使用しなくても、2500MiBのメモリを確保すると3コアが確保されたとして演算時間が計算されます。

Q5. ハイパースレッドをオンにして計算したい。A5. トライアル運用中はMPCの一部ノードでハイパースレッドをオンにしておりますので、是非お試し下さい。 ハイパースレッドをオンにしたノードをご利用になりたい場合は、パーティションとして”mpc_ht”を指定してください。 なお、ハイパースレッドをオンにしたときは、1つのCPUコアに2つの処理を行わせることになります。 また、確保したCPUコア数を半分に換算してから、演算時間やメモリの割当量を計算することになります。